Pramení na východě Jizerských hor v rašeliništích na čs.-polských hranicích ve výší tisíc metrů. Teče jižním směrem přes Železný Brod, Turnov, Ml.Boleslav a u Staré Boleslavi se vlévá do Labe na ř.km 31,8. Odvodňuje 2 200 km2. Sjízdných je 143 km.

Horní tok Jizery je sevřen v hlubokém zalesněném údolí. V korytě je mnoho balvanů, které vytvářejí souvislé peřeje a stupně. Vzhledem k velkému spádu je na horním toku mnoho jezů, většinou nesjízdných a bez propustí. Přesto však je horní tok vyhledáván zdatnými vodáky již od soutoku s Mumlavou, zvláště v jarních měsících, kdy je koryto dostatečně naplněno. Před Turnovem se řeka uklidňuje a v dalším toku teče pomalu v široké zemědělské krajině, bez lesů. Zde již není peřejí ani nebezpečných míst. Šře řeky se pohybuje na horním toku mezi 15 - 20 m, ve středním a dolním toku dosahuje místy až 50 m.